เรื่องภายหลังจากภาคแรก 3 ปียกยะจัดตั้งกรุ๊ปกบฎแล้วก็ขึ้นเป็นผู้นำก่อการสู้รบกับพวกคนแก่ กฏ BR ถูกนำกลับมาใช้อีกครั้งแบบชั่วร้ายกว่าเดิม ชิโอริบุตรสาวของคุณครูคิตาโนะที่ถูกยกยะยิงตายไปเมื่อภาคที่แล้วอยากค้นหาคำตอบเลยไปสมัครสำหรับเข้าเรียนในสถานที่เรียนที่มีเพียงแต่พวกเด็กเหลือขอ แล้วเด็กกรุ๊ปนั้นก็ถูกคัดมาเล่นเกมชนิดเดียวกันกับพวกยกยะคือถูกพาตัวมาที่ค่ายจับใส่ปลอกคอมีคุณครูริกิที่บุตรสาวตายเพราะพวกยกยะก่อกบฏเป็นคนควบคุม เกมนี้ต่างจากภาคแรกคือให้จับมาแบบเป็นๆคู่ถ้าเกิดคู่ตายก็จะต้องถูกระเบิดตายตามไปด้วยและไม่ได้ให้ล่าคุ้นเคยแต่ให้ตามล่ายกยะกับพวกกบฏบนเกาะที่พวกยกยะซ่อนตัวอยู่ เกมนรก สถาบันพันธุ์โหด 2
เริ่มภารกิจแรกยังไปไม่ทันถึงเกาะก็เริ่มถูกกรุ๊ปของยกยะเล่นงานตาย และจากนั้นก็ตายอีกในช่วงเวลาที่ไปเก็บลูกกระสุนที่ถูกส่งลงมาจากเรือบิน พวกผู้เรียนตัวหลักๆคือทากุกับพวกที่เหลือถูกพวกยกยะล้อมไว้ พวกยกยะใช้ระเบิดทำลายระบบแล้วก็ช่วยถอดปลอกคอ ริกิส่งทหารเข้าไปแต่พวกยกยะจัดการได้ ยกยะพูดกระทั่งกรุ๊ปผู้เรียนยอมเป็นพวกด้วย อยู่ๆสหรัฐฯก็ยิงจรวดนำวิถีลูกแรก นายกสั่งให้ริกิจัดการกวาดให้หมดทั้งเกาะริกิเองก็ใส่ปลอกคออยู่เช่นกัน ยกยะให้พวกผู้เรียนหนีออกทางอุโมงค์ชิโอริไม่ยอมไปขออยู่ดูจนถึงวินาทีในที่สุด ทากุกับเพื่อนฝูงอีกสองคนกลับใจกลับมาสมทบกับยกยะ ริกิมาถึงบอกเรื่องที่ลูกถูกฆาตกรรมในเหตุการก่อกบฏระเบิดที่ปลอกคอริกิระเบิด ชิโอริถูกยิงบาดเจ็บถามยกยะก่อนตายถึงโนริโกะยกยะพูดว่าโนริโกะเป็นผู้ที่กล้ามองตาแล้วก็ยิ้มให้ผู้อื่นอย่างจริงใจ ยกยะกับทากุบุกออกไปก่อนที่ทั้งเกาะจะถูกถล่มพวกทากุกับที่เหลือถูกประกาศว่าหายสูญ ทากุกับยกยะตามมาสมทบกับพวกที่เหลือและโนริโกะแล้วทั้งปวงก็รวมตัวกันเดินหน้าต่อไป